Την αμφισβήτηση των τεκμηρίων μπορούν να επιδιώξουν οι ελεύθεροι επαγγελματίες στο πλαίσιο του νέου τρόπου φορολόγησης.

Ειδικότερα, ο φορολογούμενος μπορεί να αμφισβητήσει την εφαρμογή του ελάχιστου ετήσιου εισοδήματος, με αίτημα τη φορολόγησή του με βάση τα λογιστικά αρχεία του, δηλαδή βάσει των «πραγματικών» κερδών του ή την αναγνώριση της ζημίας του.

Σε αυτή την περίπτωση η φορολογική αρχή υποχρεούται εκ του νόμου να προβεί σε φορολογικό έλεγχο για να βεβαιώσει την ακρίβεια των βιβλίων και στοιχείων του φορολογουμένου. Αξίζει να σημειωθεί ότι ο νόμος δεν θέτει προθεσμία για την ολοκλήρωση του ελέγχου.

Επίσης, δεν διευκρινίζεται εάν έως την ολοκλήρωση του ελέγχου ο φορολογούμενος οφείλει να καταβάλει τον φόρο εισοδήματος βάσει τεκμηρίων ή με βάση τα υπό εξέταση από τον έλεγχο λογιστικά αρχεία του.

Σε κάθε περίπτωση, εύλογο είναι ότι στο πλαίσιο του ελέγχου, η φορολογική αρχή θα φέρει το βάρος απόδειξης ενδεχόμενης διάπραξης φοροδιαφυγής από τον φορολογούμενο.

Στόχος της κυβέρνησης είναι η κατάργηση των τεκμήριων τα επόμενα χρόνια.

Το σχέδιο της μείωσης των τεκμηρίων περιλαμβάνει τους εξής άξονες:
Την εντατικοποίηση της υποχρεωτικής εφαρμογής των POS και ενίσχυση των ηλεκτρονικών συναλλαγών, ώστε όλα τα εισοδήματα να περνούν από το MyData.
Τον εντοπισμό στρεβλώσεων και αδικιών που αφορά κυρίως σε χαμηλά εισοδήματα που πληρώνουν έξτρα φόρους λόγω τεκμηρίων εξαιτίας των στρατηγικών κακοπληρωτών.
Την άμβλυνση ή αφαίρεση των τεκμηρίων διαβίωσης που πλήττουν άδικα χαμηλά εισοδήματα ή δεν λαμβάνουν υπόψη εισοδήματα που αποκτήθηκαν π.χ. από παροχές, λόγω διαφορετικών ημερομηνιών κατάθεσης φορολογικών δηλώσεων και δηλώσεων δωρεών κ.ά..